Dentysta Krakow
Uslugi dentystyczne w krakowie – stomatolog

Genomowe i epigenomiczne krajobrazy dorosłych z ostrą białaczką szpikową AD 9

Posted in Uncategorized  by admin
April 18th, 2018

Zidentyfikowaliśmy 15 nowych zdarzeń termojądrowych, które utrzymywały otwartą ramkę odczytu. Chociaż żadna z nich nie miała nawrotów w tej kohorcie, kilka genów w fuzjach było zmutowanych lub przeniesionych do innych próbek AML, które analizowaliśmy (tj. MLLT10 / AF10, NF1, GRID1, PPP2R1B, XIAP, ATP1B4, WSB1, KIAA0999, TBX15 i LRRC37B). Dodatkowe 42 fuzje genów były poza ramką (Figura 3C), tworząc skrócony gen w górę lub potencjalne haploinsuficiency dla obu genów partnerów, z wieloma, które zmutowano lub przeniesiono do innych próbek AML (w tym RUNX1, DNMT3B, MLLT10 / AF10, NSD1, EDIL3, SCARB1, XIAP1, PPP2R1B, FOXP1, KSR2, MLL3 i CUL1). Jedną z fuzji poza ramą (GAS6-FAM70B) wykryto w trzech próbkach AML, a jeden z jej partnerów fuzyjnych (FAM70B P233L) zmutowano w innej próbce. Większość nowo opisanych zdarzeń związanych z fuzją w tych próbkach nie została wykryta za pomocą rutynowych badań cytogenetycznych (tabela S1 w dodatkowym dodatku). Analiza ekspresji genów
Niekontrolowane, nieujemne klastrowanie w trybie konsensusu matrycowego (NMF) (tj. Grupowanie danych z wejściami składającymi się tylko z informacji o obfitości genów lub miRNA) sugerowało optimum siedmiu grup sekwencjonujących RNA i pięciu grup sekwencyjnych miRNA (ryc. S12 w dodatkowym dodatku ). Związki pomiędzy tymi grupami i całkowity czas przeżycia pokazano na rycinie S13 w dodatkowym dodatku; grupy wzbogacone o próbki zawierające PML-RARA miały lepsze wyniki niż inne grupy, zgodnie z oczekiwaniami. Grupy sekwencjonujące RNA były bardzo zgodne z zestawem danych mikromacierzy dla tych samych 178 próbek (ryc. S14 w dodatku uzupełniającym).
Rycina 4. Rycina 4. Nieuprawnione wzory ekspresji RNA i miRNA. Pokazano nienadzorowane klastry konsensusu dla danych uzyskanych przy użyciu sekwencjonowania matrycowego RNA (Panel A) i sekwencjonowania mikroRNA (miRNA) (Panel B). Pokazane od góry do dołu są mapy termiczne obfitości RNA, z każdym komunikacyjnym RNA lub miRNA wycentrowanym na jego średnią; nietypowi członkowie każdej grupy (zaznaczeni na czarno), którzy mają szerokość sylwetki poniżej 0,9 maksymalnej szerokości grupy; profil o szerokości sylwetki (tj. bezwymiarowy wskaźnik odzwierciedlający dopasowanie próbek do zwartych i wyraźnych klastrów) obliczony na podstawie macierzy członkostwa zgodnego; oraz zmienne towarzyszące (np. podtypy FAB), z wartościami P dla asocjacji skorygowanymi dla wielu testów, po lewej i prawej stronie (patrz sekcja Metody w dodatkowym dodatku). BH oznacza test wielokrotnego testowania Benjamini-Hochberga. Liczby odnoszą się do profili szerokości sylwetki, dla których podano wartości P. Jedna gwiazdka oznacza P <0,05, dwie gwiazdki P <0,01 i trzy gwiazdki P <0,001 [patrz też: stomatologia katowice, stomatolog zielona góra, stomatolog płock ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: stomatolog płock stomatolog zielona góra stomatologia katowice