Dentysta Krakow
Uslugi dentystyczne w krakowie – stomatolog

Genomowe i epigenomiczne krajobrazy dorosłych z ostrą białaczką szpikową AD 8

Posted in Uncategorized  by admin
April 18th, 2018

S11 w dodatkowym dodatku). Spośród powiązań parami między mutacjami w próbkach AML najbardziej znaczące było współwystępowanie mutacji w FLT3, DNMT3A i NPM1 (ryc. S8 w dodatku uzupełniającym). W szczególności wiele próbek miało mutacje zarówno w NPM1 i DNMT3A lub w NPM1 i FLT3. Prawdopodobieństwo występowania tych mutacji przez przypadek jest wyjątkowo małe (P <6,3 x 10-7 dla NPM1 i DNMT3A i P <1,9 × 10-6 dla NPM1 i FLT3). Ta obserwacja, w połączeniu z silnym związkiem między próbkami mającymi równoległe mutacje w NPM1, FLT3 i DNMT3A i odrębnymi klastrami w mRNA, miRNA i metylacji DNA, sugeruje, że próbki z mutacjami we wszystkich trzech genach reprezentują nowy podtyp AML. Ponadto zaobserwowaliśmy związki o silnej wzajemnej wyłączności. Na przykład, geny fuzyjne PML-RARA, MYH11-CBFB i MLL wykluczały mutacje w NPM1 i DNMT3A (odpowiednio p <0,007, P <0,04 i P <0,04), a mutacje RUNX1 i TP53 wzajemnie się wykluczały. wyłączone z mutacji FLT3 i NPM1. Tabela S12 w dodatkowym dodatku zawiera pełną listę genów lub zestawów genów ze znaczącymi współwystępowaniem lub wyłącznością próbek.
Fuzje genów
Rysunek 3. Rysunek 3. Fuzje genów AML. Panel A to wykres utworzony przy użyciu oprogramowania Circos29 pokazującego fuzje w ramce (zielone) i poza ramką (kolor pomarańczowy) wykryte w kohorcie AML w Atlasie Genomu Raka (TCGA) za pomocą Trans-ABySS software.28 Szerokości wstęg są proporcjonalne do częstotliwości zdarzenia fuzji. Chromosomy są indywidualnie zabarwione i są ułożone w kierunku zgodnym z ruchem wskazówek zegara od chromosomu do X, zaczynając od chromosomu o godzinie 12. Żadne zmiany nie obejmowały chromosomu Y. Częstotliwości fuzji w ramce i poza ramką są pokazane odpowiednio w panelach B i C. W przypadku nazw genów zaznaczonych na czerwono stwierdzono, że jeden z partnerskich genów w tej fuzji jest zmutowany w co najmniej jednej innej próbce AML z tego zbioru danych. Na podstawie aberracji chromosomowych i wariantów genomowych opisanych w bazie danych Mitelman z projektu Cancer Genome Anatomy Project (CGAP) (http://cgap.nci.nih.gov/Chromosomes/Mitelman), wszystkie wcześniej zidentyfikowane fuzje genów są pokazane na niebiesko , jedna znana polimorficzna fuzja jest pokazana na zielono, a wszystkie nowe zdarzenia są pokazane na czerwono.
Zestaw de novo danych sekwencjonowania RNA28 dla 179 próbek AML zidentyfikował 118 fuzji genu w 80 próbkach (średnia, 1,5 na próbkę), z których 71 było odrębnymi zdarzeniami (Figura 3A) 29; 99 próbek nie wykryło fuzji (tabela S13 w dodatkowym dodatku). Zakres fuzji na próbkę wynosił od 0 do 8. Fuzje w ramce 74 obejmowały wiele wcześniej opisanych, powtarzających się zdarzeń, w tym PML-RARA, MYH11-CBFB, RUNX1-RUNX1T1, BCR-ABL1, PICALM-MLLT10 / AF10, NUP98- NSD1 i wielokrotne fuzje z udziałem MLL (rysunek 3B)
[hasła pokrewne: stomatolog poznań, gabinety stomatologiczne, stomatolog płock ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: gabinety stomatologiczne stomatolog poznań stomatolog płock