Dentysta Krakow
Uslugi dentystyczne w krakowie – stomatolog

Genomowe i epigenomiczne krajobrazy dorosłych z ostrą białaczką szpikową AD 7

Posted in Uncategorized  by admin
April 18th, 2018

Korzystając z algorytmu HotNet, 27 zidentyfikowaliśmy sześć podsieci sieci interakcji białko-białko w skali genomu, które miały znaczące mutacje (P <0,001). Obejmowały one części znanych szlaków i kompleksów białkowych, w tym kompleks koherenowy17 (ryc. S7 w dodatku uzupełniającym). Zgrupowaliśmy mutacje w większe zestawy lub ścieżki i zbadaliśmy wzorce wzajemnej wyłączności i współwystępowania między tymi grupami. Z 200 próbek 199 (> 99%) zawierało co najmniej jedną mutację w jednej z dziewięciu kategorii, które zostały zdefiniowane zgodnie z funkcją biologiczną i które mają przypuszczalną rolę w patogenezie AML: fuzje czynnika transkrypcyjnego (18% przypadków), gen kodujące nukleofosminy (NPM1) (27%), geny supresorowe nowotworów (16%), geny związane z metylacją DNA (44%), aktywowane geny sygnałowe (59%), geny modyfikujące chromatynę (30%), transkrypcja mieloidalna geny czynnikowe (22%), geny kompleksu kohezyny (13%) i geny kompleksu splicosomów (14%) (ryc. 2 i ryc. S8 w dodatku uzupełniającym). W przypadku wszystkich genów, które miały mutacje tylko w niewielkiej liczbie próbek, znaczenie patofizjologiczne zdarzeń będzie wymagało dalszej walidacji. Mutacje FLT3 zidentyfikowano w 56 próbkach i stwierdzono, że dodatkowe 62 próbki zawierają mutacje w genach kodujących inne kinazy, fosfatazy lub białka rodziny RAS (ryc. S9 w dodatku uzupełniającym). Jednak większość tych genów zawierała mutacje tylko w do 3 próbkach (z wyjątkiem KIT, KRAS, NRAS i PTPN11). W sumie 59% próbek miało mutację w genie kodującym białko sygnałowe.
Aby w pełni ocenić wzorce wzajemnej wyłączności i współwystępowania między zestawami genów, zastosowaliśmy Dendrix ++ (patrz sekcja Materiały w dodatkowym dodatku) do matrycy mutacji. Dendrix ++ zidentyfikował trzy zestawy genów o najsilniejszych wzorach wzajemnej wyłączności (grupy A, B i C) (rysunek 2). Najbardziej statystycznie istotny zestaw zawierał geny fuzyjne czynnika transkrypcji, NPM1, RUNX1, TP53 i CEBPA (ryc. S10 w dodatkowym dodatku). Drugi najbardziej znaczący zestaw wykazał wyłączność między mutacjami w FLT3 i genami kodującymi inne kinazy tyrozynowe, kinazy serynowo-treoninowe, białkowe fosfatazy tyrozynowe i białka z rodziny RAS (ryc. S9 w dodatku uzupełniającym). Trzeci zestaw zawierał mutacje w ASXL1 i genach kodujących komponenty kompleksu Cohein a, inne mieloidalne czynniki transkrypcyjne i inne modyfikatory epigenetyczne (ryc. S10 w Dodatku Uzupełniającym). Mutacje w obrębie zestawu genów spliceosomu, geny kodujące inne modyfikatory epigenetyczne i geny kodujące mieloidalne czynniki transkrypcyjne również wykazały znaczną wzajemną ekskluzywność w każdym zestawie (rys.
[więcej w: program stomatologiczny, stomatologia estetyczna, nefrolog ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: nefrolog program stomatologiczny stomatologia estetyczna