Dentysta Krakow
Uslugi dentystyczne w krakowie – stomatolog

Genomowe i epigenomiczne krajobrazy dorosłych z ostrą białaczką szpikową AD 5

Posted in Uncategorized  by admin
September 12th, 2018

Występowała silna korelacja między liczbą mutacji kodujących i niekodujących w każdym genomie (współczynnik korelacji Pearsona, 0,78), co sugeruje, że większość mutacji była losowo rozmieszczona w każdym genomie. Większość mutacji w genomach AML to prawdopodobnie zdarzenia występujące w tle w hematopoetycznych komórkach macierzystych przed wystąpieniem zdarzenia inicjującego; klonalna ekspansja tych komórek przechwytuje ich historię mutacji, jak wcześniej podano.17 Jest to również powód, dla którego prawie wszystkie mutacje w genomach AML są obecne w prawie wszystkich komórkach w każdej próbce.17 Wyniki analizy regionów o powtarzających się mutacjach w poziomy 2 i 3 (regiony niedenowskie11) przedstawiono w tabeli S8 w dodatkowym dodatku, podobnie jak dane dotyczące wariantów mitochondrialnych (tabela S9 w dodatkowym dodatku); znaczenie tych zdarzeń dla patogenezy jest niejasne. Korzystając z głębokiego cyfrowego sekwencjonowania, sprawdziliśmy wszystkie warianty poziomu 2 i 3, które zostały odkryte przy użyciu sekwencjonowania całego genomu. Zapewniło to dużą liczbę miejsc dla analizy klasterowej częstości alleli (VAF), co pozwoliło nam zdefiniować skład klonalny każdego guza.17,18 Ponad połowa guzów zawierała zarówno klon zakładający (klon o najwyższym Wartości VAF) i co najmniej jeden subklon; udało nam się zidentyfikować aż trzy niezależne subklony w jednej próbce guza (rysunek 1C i tabela S1 w dodatkowym dodatku). Pokrycie zapewnione przez sekwencjonowanie całego genomu w tym badaniu (średnia, 30,54 ×) ograniczyło moc wykrywania małych subklonów o VAF poniżej 10% (ryc. S3A w dodatkowym dodatku). Sekwencjonowanie exome dało wyższy poziom pokrycia dla docelowych sekwencji (średnia, 167,50 ×), nieznacznie zwiększając naszą zdolność wykrywania mutacji z VAF poniżej 10%. Jednak różnica między liczbą wykrytych mutacji poziomu z sekwencjonowaniem całego genomu (14,5 na próbkę) a liczbą wykrytą z sekwencjonowaniem egzomu (12,7 na próbkę) nie była istotna (P = 0,17) (tabela S6 w dodatkowym dodatku) . Spektrum mutacji wszystkich zwalidowanych SNV dla wszystkich 200 próbek przedstawiono na ryc. S3B w dodatkowym dodatku; przejścia były najczęstszym typem mutacji, jak opisano wcześniej.17,18
Ekspresja Mutant Alleles
Analiza sekwencji RNA ujawniła alleliczne tendencje do mutacji w kilku genach. W kilku przypadkach zaobserwowaliśmy zwiększoną lub wyłączną ekspresję zmutowanych DNMT3A, RUNX1, PHF6 i TP53 (rys. S4A do S4F w dodatkowym dodatku). Utrata heterozygotyczności lub częściowa disomia jednoosobowa wyjaśniła wzbogacenie zmutowanej ekspresji allelu w większości próbek; modyfikacje epigenetyczne (np. zmienione wzory DNA lub metylacja histonów) mogą być odpowiedzialne za resztę.
Warianty miRNA
Zidentyfikowaliśmy somatyczne SNV w genach miRNA w 7 z 200 próbek (4%) (tabela S10 w dodatkowym dodatku)
[więcej w: dentysta kościerzyna, nfz rzeszów sanatoria kolejka, zniżki dla krwiodawców ]

Tags: , ,

Comments are closed.

Powiązane tematy z artykułem: dentysta kościerzyna nfz rzeszów sanatoria kolejka zniżki dla krwiodawców